Kakšni so učinki alkalne pH na strukturo DNK ?
Običajno vsaka molekula DNA znotraj vaših celic vsebuje dva trakova spojeni z interakcijami imenovane vodikove vezi . Spremembe v razmerah , pa lahko ” denaturacijo ” DNA in povzroči ti niti ločiti . Dodajanje močne baze , kot NaOH , znatno poveča pH , kar zmanjšuje koncentracijo ionski vodika raztopine in denaturacijo dvoverižno DNA . Učinki pH
koncentracijahidroksid ion in pH imajo neposredno povezavo , kar pomenivišji pH ,višjokoncentracijo hidroksida . Podobno ,nižja koncentracijavodikovih ionov pade . Pri visokem pH , potem ,raztopina je bogata z ione , in ti negativno nabite ione lahko pull vodikovih ionov off molekul , kot so baznih parov v DNA . Ta proces moti vodikove vezi , ki ima dva trakova DNK , ki jih povzročajo, da se ločita.
RNA proti DNA
razliko od RNA , DNA nima hidroksilno skupino na stališče 2 ‘ v vsaki skupini sladkorja. Ta razlika omogoča veliko DNA bolj stabilen v alkalni raztopini . RNA , lahkohidroksilna skupina na položaju 2 ‘ odreči vodikovih ionov v raztopini pri visokem pH , ki ustvarja visoko reaktivna alkoksid ion , ki napada fosfatni skupina nosilnih dve sosednji nukleotidov skupaj . DNA ne trpijo zaradi te napake in tako uživa izjemno stabilnost pri visokem pH.
Alkalne lize
Molekularni biologi pogosto uporabljajo alkalne denaturacije izolirati plazmida DNA iz bakterij . Plazmidi so majhne zanke DNK ločen od bakterijskem kromosomu . V alkalne lize miniprep , biologi dodali detergent in natrijev hidroksid za bakterije suspendirane v raztopini . Detergent raztaplja bakterijske celične membrane , medtem konatrijev hidroksid poveča pH ter omogočarešitev močno alkalna . Kot razbite celice sprostijo svojo vsebino ,DNA znotraj loči v njegovih sestavnih sklopov , ali denatures .
Reannealing
Kobiolog izvleče DNK iz celice , se je dodaja drugim reagentom, da vrne rešitev bolj nevtralnega in obori detergent . Sprememba pH omogoča Plazmid usmeritvi reanneal ; zajetno kromosom , vendar pa ne more storitienako, takobiolog lahko odstranite skupaj z detergentom , nespremenjenih beljakovin in drugih mešanih smeti , zaradi česar plazmida v ozadju . Alkalni lize ni popolnoma očisti plazmidne DNA ; Namesto tega služi kot” hitro in umazano ” način, da ga izvleči iz celice in odpraviti večino drugih onesnaževalcev .